Po rozpadnutí ČSR a vzniku Slovenského štátu dňa 14. marca 1939 mjr. gšt. Štefan Jurech ako jeden z hodnostne najvyšších dôstojníkov a zároveň aj absolvent pražskej Vojnovej školy prevzal velenie V. zboru v Trenčíne, ktorý po odchode vojakov prezenčnej služby a z povolania českej národnosti zostal vlastne iba torzom tohto zboru, bol v likvidácii. JUCHECH po prvý krát v živote vykonával významnú veliteľskú funkciu veliteľa vyššej jednotky. S hŕstkou dôstojníkov sa Jurech snažil skonsolidovať nepriaznivú situáciu v zbore a pripravoval ho na reorganizáciu a jeho neskoršiu premenu na Vyššie veliteľstvo 1. Zadanú úlohu sa mu podarilo výborne splniť. Jurech so svojim skromným štábom musel zabezpečiť okrem iného aj krytie slovensko-poľských hraníc, čo sa mu aj podarilo.
Nakoľko bol mjr. gšt. Štefan Jurech mimoriadne erudovaným a schopným dôstojníkom, so štábnymi skúsenosťami na úrovni Krajinského vojenského veliteľstva a veliteľstva poľnej armády, bol odo dňa 25. apríla 1939 ministrom NO gen. I. triedy Ferdinandom ČATLOŠOM ustanovený do mimoriadne zodpovednej a náročnej funkcie náčelníka štábu Krajinského vojenského veliteľstva v Bratislave. Tak, ako prebiehala v apríli až máji 1939 reorganizácia celej armády, došlo aj k reorganizácii Krajinského vojenského veliteľstva, ktoré sa od 1. mája 1939 zmenilo na Hlavné vojenské veliteľstvo v Bratislave, pričom mjr. gšt. bol Štefan Jurech bol ustanovený náčelníkom štábu Hlavného vojenského veliteľstva. Ku dňu 17. mája 1939 bol Štefan Jurech povýšený do hodnosti podplukovníka generálneho štábu. Štefan Jurech sa významným spôsobom zapojil do prvej zásadnej reorganizácie slovenskej brannej moci v máji 1939, ktorej výsledkom boli tri vyššie veliteľstvá, HVV, armádne útvary a zariadenia.
Keď bolo politickým vedením Slovenského štátu rozhodnuté, že Slovensko sa zapojí do vojenskej agresie nacistického Nemecka proti Poľsku, pplk. gšt. Štefan Jurech na základe rozhodnutia ministra NO gen. I. tr. Ferdinanda ČATLOŠA nebol zapojený do priamych príprav a bojových akcií slov. brannej moci proti Poľsku. Nezúčastnil sa priamo ťaženia slov. armády proti Poľsku v auguste až októbri roku 1939, nakoľko počas neprítomnosti ministra NO gen. I. tr. Ferdinanda ČATLOŠA, vtedy veliteľa poľnej armády, tohto zastupoval na MNO vo veciach zásobovania a odsunov. Obdobný nevďačný osud postihol aj ďalšieho vojenského odborníka, účastníka 1. sv. vojny, pplk. del. Jozefa TURANCA. Dnes je už ťažko možné vystopovať, čo viedlo ČATLOŠA k tomu, že dvoch z mála najschopnejších slovenských dôstojníkov nevyužil pre bojové operácie armády. Paradoxná na celej veci je skutočnosť, že práve Štefan Jurech mal najbohatšie skúsenosti zo štábnej práce na úrovni armády ešte z doby čs. armády (okrem generálneho inšpektora armády gen. I. tr. Rudolfa VIESTA), keď vykonával jednu z najprestížnejších štábnych funkcií, funkciu prednostu operačného oddelenia štábu armády (tzv. mozog armády), čo ho priam predurčovalo na funkciu veliteľa poľnej armády. Ani gen. I. tá.
Ferdinand ČATLOŠ, ale ani plk. gšt. Augustín MALÁR nemali také skúsenosti s operačným umením na úrovni armády, ako mal pplk. gšt. Štefan Jurech. Samotné JurechOVO odstavenie od veliteľských, resp. najvyšších štábnych funkcií v operujúcej armáde v septembri 1939 akoby predznamenalo vzťah Jurecha a ČATLOŠA, ktorý bol po celú dobu existencie slovenskej brannej moci zlý, postupne sa zhoršoval. Samozrejme, že navrch mal vždy nadriadený, ktorým bol minister NO gen. Ferdinand ČATLOŠ. Zrejme svoj podiel na týchto vzťahom malo viacero skutočností. Jurech nebol legionárom, ako ČATLOŠ a preto nebol ministrom NO preferovaný, neexistovalo medzi ním a ministrom osobné priateľstvo, resp. vzájomný rešpekt ako to bolo medzi ČATLOŠOM a MALÁROM, za JurechOM stál jeho priateľ Štefan HAŠŠÍK a nakoniec to bola aj JurechOVA komplikovaná osobnosť, ktorý nedokázal byť diplomatický u rozličných prechmatov, nesprávnych a niekedy nie celkom kompetentných rozhodnutí ministra NO, ktoré otvorene kritizoval a poukazoval na ne. Svoju rolu vo vzájomnej averzii určite zohral aj pocit ministra NO, že by ho mohol Jurech ohrozovať v jeho postavení. Tu je potrebné pre objektivitu poznamenať, že sám ČATLOŠ nemal komplikované vzťahy iba s JurechOM, ale aj s množstvom ďalších vyšších dôstojníkov, ktorých vnímal ako osoby, ktoré by ho mohli z rôznych dôvodov ohrozovať v jeho postavení. Neštítil sa ani odstavovania týchto dôstojníkov od armády ich prepúšťaním do zálohy, zlým a neobjektívnym služobným hodnotením, nepovyšovaním a pod.