Po úspešnom absolvovaní Vojnovej školy bol Štefan Jurech odo dňa 1. októbra 1932 premiestnený k veliteľstvu 9. divízie v Bratislave, kde bol ustanovený prednostom 4. (materiálneho) oddelenia. Zároveň bol v tento istý deň povýšený do hodnosti štábneho kapitána pechoty. Spätne, ku dňu 31. júla 1932 Štefan Jurech na základe úspešného absolvovania mimoriadne náročnej záverečnej skúšky na Vojnovej škole, bol preložený do skupiny dôstojníkov generálneho štábu. Odo dňa 15. septembra 1933 bol škpt. gšt. Štefan Jurech pridelený k Zemskému vojenskému veliteľstvu v Bratislave, kde bol pridelený k 2. (spravodajskému) oddeleniu. Tu plnil úlohy nielen obranného spravodajstva, zamerané na spravodajskú ochranu vlastných vojsk, ale plnil aj úlohy ofenzívneho spravodajstva, zamerané hlavne na Maďarsko, ktoré bolo v medzivojnovom období výslovne protičeskoslovensky orientované. Tu naplno využil znalosti maďarského jazyka, ale aj nemeckého jazyka.
Škpt. gšt. Štefan Jurech bol ako štábny dôstojník odoslaný na kurz lietadlového pozorova-teľa zbraní do Leteckého učilišťa v Prostějově, ktorý úspešne absolvoval v dobe od 6. augusta do 27. septembra 1934 s prospechom „dobrý“. Následne absolvoval povinnú prax leteckého pozorovateľa, štvormesačnú leteckú službu, na základe ktorej bol dňom 1. októbra 1934 menovaný leteckým pozorovateľom štábu. Ku dňu 22. júla 1935 bol Štefan Jurech povýšený do hodnosti majora generálneho štábu. V dobe od 30. septembra 1936 do 29. septembra 1937 mjr. gšt. Štefan Jurech vykonával v rámci štábu III. zboru v Brne funkciu prednostu 3. (operačného) oddelenia štábu zboru, k zboru bol evidenčne premiestnený dňom 31. decembra 1936. Dňom 1. októbra 1936 bol menovaný poľným leteckým pozorovateľom štábu a obdržal odznak poľného leteckého pozorovateľa zbraní.
Od 30. júla 1937 bol mjr. gšt. Štefan Jurech opätovne premiestnený, teraz k veliteľstvu Krajinskému vojenskému veliteľstvu v Brne, kde bol ustanovený prednostom 2. (spravodajského) oddelenia veliteľstva KVV. Počas zaradenia u KVV v Brne Štefan Jurech bol za rok 1938 hodnotený náčelníkom štábu KVV, ako „svedomitý, zo zmyslom pre zodpovednosť,..., čulý, energický, otvorený, priamy charakter, ..., dobrého nadania a pamäti, má rýchly postreh, pružný, uvažuje logicky a vie učiniť správne závery, veľmi dobrého všeobecného vzdelania, zvlášť politicky vyhraneného, nie je však tej výšky, aby mohol kriticky posudzovať všetko, čo číta a počuje (pozn.: toto hodnotenie je na vojenské pomery pomerne zvláštne a neobvyklé, nakoľko poznámka nemala súvis s otázkou všeobecného vzdelania podľa čl. II bodu 5 Kvalifikačnej listiny, časť II), .... veľmi dobrý prednosta oddelenia štábu, v každej štábnej službe dobre upotrebiteľný, spôsobilý na miesto náčelníka štábu divízie, ....“, pričom mu bol priznaný stupeň kvalifikácie „veľmi dobrý“. Je zaujímavé, že predmetné hodnotenie náčelníka štábu KVV obsahovalo aj tvrdenie, že Štefan Jurech „v poslednej dobe vzhľadom k udalostiam na Slovensku stratil záujem na vojenskej službe, zaujímalo ho viac výhodné civilné umiestnenie na Slovensku“. Je nemožné, že v medzivojnovej čs. armáde by mohol mať také celkové vysoko priaznivé služobné hodnotenie dôstojník, ktorý stratil záujem o vojenskú službu a bažil by iba po výhodnom civilnom zamestnaní. Táto poznámka priam odporovala zásadám celkovému hodnoteniu podľa čs. služobných predpisov a bola v rozpore s hodnotením veliteľa ZVV v Brne div. gen. Vojtecha LUŽU, najvyššieho nadriadeného na KVV, ktorý v závere svojho určujúceho hodnotenia o Štefanovi Jurechovi napísal „súhlasím s popisom, bol veľmi dobrým a svedomitým prednostom oddelenia (pozn.: myslel tým prednostom 3. oddelenia štábu ZVV)“. Postoj náčelníka štábu KVV sa dá vysvetliť jedine prepiatou osobnou reakciou českého dôstojníka voči požiadavkám slovenských národovcov v roku 1938, ktoré zrejme pred nadriadeným Štefan Jurech neopatrne slovne podporil.
Čo sa týkalo služby mjr. gšt. Štefana Jurecha v čs. armáde, v 30. rokoch 20. storočia bola s jeho vojenskou službou mimoriadna spokojnosť, nakoľko mu boli uvedené viaceré pochvalnú uznania, napr. v rokoch 1935 a 1936 dve pochvalné uznania veliteľa Krajinského vojenského veliteľstva v Bratislave, v roku 1937 mu bolo udelené pochvalné uznanie veliteľa III. zboru v Brne. Pritom nešlo o bežnú prax, pochvalné uznania boli v medzivojnovej čs. armáde najvyššou formou odmeny aktívneho dôstojníka, prejavom ocenenia jeho schopností.