Ako ambiciózny, schopný a skúsený dôstojník, účastník 1. sv. vojny, sa Štefan Jurech rozhodol podať prihlášku na najvyššiu vojenskú odbornú školu čs. armády tej doby, na Vojnovú školu v Prahe, pričom najprv úspešne absolvoval prípravný kurz a na základe úspešne absolvovaného náročného prijímacieho konania bol prijatý dňom 1. októbra 1929 na Vojnovú školu ako jej frekventant.
Trojročnú pražskú VŠ absolvoval v dobe od 1. októbra 1929 do 30. septembra 1932. Počas štúdia na Vojnovej škole kpt. pech. Štefan Jurech v rámci I. ročníka (školský rok 1929/1930) absolvoval stáže u útvarov jednotlivých druhov zbraní, v roku 1929 absolvoval automobilový kurz s výsledným prospechom „dobrý“ a v tom istom roku stihol absolvovať aj armádny plynový kurz v Olomouci, ktorý ukončil s prospechom „dobrý“. V roku 1930 ešte absolvoval telegrafný kurz v Trutnově s celkovým prospechom „dobrý“.
Zároveň v roku 1930 absolvoval aj jednomesačný kurz pri Pechotnom učilišti v Miloviciach, na záver ktorého bol hodnotený ako „veľmi bystrý, temperamentný, tvrdošijný, usudzujúci správne, vystupovania veľmi dobrého, prakticky spôsobilý“, s celkovým posudkom viac než dobrým. V dobe od 22. júla 1930 do 24. augusta 1930 Štefan Jurech absolvoval stáž (dobovo skúsenú) u delostreleckého pluku 10 v Lučenci. V II. a III. ročníku Vojnovej školy absolvoval teoretické predmety, prednášky na Vojnovej škole a cvičenia. Nakoniec pražskú Vojnovú školu, neskôr premenovanú na Vysokú školu vojnovú, absolvoval dňa 30. septembra 1932 s prospechom „dobrým“, v poradí ako 16 medzi 25 frekventantmi Vojnovej školy. Štefan Jurech bol na záver štúdia na VŠ hodnotený ako „vážnej povahy, ctižiadostivý, niekedy až nedotklivý, značne sebavedomý, chápavý a inteligentný, (má) dobré vedomosti a schopnosti, usudzuje súdne, niekedy až príliš podrobne, rozhoduje sa samostatne, až odvážne, vo vykonávaní (je) dôsledný a energický, snaživý, presný a vytrvalý v práci“.