Generál Štefan Jurech po návrate na Slovensko bol nemilo prekvapený a zaskočený problémami okolo jeho osoby. Tie vyvolal jeden z veliteľov delostreleckých plukov, ktorý generála a jeho pokus o prechod Rýchlej divízie udal ministrovi NO gen. ČATLOŠOVI. Minister ihneď nariadil vyšetrovanie celej veci a rád využil proti Jurechovi túto udalosť, ako aj jeho osobné rodinné problémy, aby Jurecha zásadným spôsobom očiernil, skompromitoval pred prezidentom SR. Prípravy prechodu Rýchlej divízie na stranu Červenej armády boli predmetom trestného stíhania, keď vojenský prokurátor dňa 25. novembra 1943 zahájil proti gen. II. tr. Štefanovi Jurechovi,
ako aj proti ďalšiemu spolupracovníkovi a to npor. pion. Gustávovi DONOVALOVI trestné stíhanie a zároveň naň uvalil aj vyšetrovaciu väzbu za trestné činy vojenskej zrady a sabotáže v poli. Niekoľko mesiacov bol Štefan Jurech vo vyšetrovacej väzbe, ktorá sa realizovala v bratislavskej vojenskej nemocnici. Neskôr bolo trestné stíhanie pre nedostatok dôkazov zastavené dňa 3. januára 1944. Minister NO gen. I. tr. Ferdinand ČATLOŠ si totiž na základe vývoja na frontoch 2. sv. vojny už vtedy vykalkuloval, že víťazstvo nemeckej armády sa konať nebude a preto sa pripravoval na prechod na stranu víťazov. Pre svoje ďalšie plány sa nemohol kompromitovať likvidáciou v armáde populárneho generála Jurecha.
Aj napriek tomuto šťastnému riešeniu minister NO gen. I. tr. Ferdinand ČATLOŠ už dňa 22. decembra 1943 rozhodol o tom, že gen. II. tr. Štefan Jurech bude dňom 1. marca 1944 ako 45 ročný preložený do výslužby. Tento postup však nakoniec nebol v pôvodnom termíne uskutočnený, Jurech bol prepustený do výslužby až neskôr. K jeho preloženiu do výslužby došlo až dňa 1. augusta 1944, no zároveň bol gen. II. tr. Jurech počas brannej pohotovosti štátu prechodne povolaný do činnej služby a ustanovený veliteľom Vojenského vedeckého ústavu v Trenčíne. V tejto dobe už bol dôsledne sledovaný slovenskými, ale aj nemeckými bezpečnostnými orgánmi. Na základe toho, že sa blížil front k hraniciam Slovenska, vláda rozhodla o zriadení Veliteľstva starostlivosti o utečencov pri MNO, do čela ktorého bol na konci júna roku 1944 ustanovený práve gen. II. tr. Štefan Jurech.