Po demobilizácii slovenskej brannej moci bol Štefan Jurech dňom 20. októbra 1939 ustanovený veliteľom 2. divízie v Banskej Bystrici, ktorú riadil veľmi efektívne. Divízia sa pod jeho velením mimoriadne rýchlo skonsolidovala, začala plniť výcvikové úlohy, došlo k doplneniu jednotiek a útvarov na predpísané počty, divízia bola dozbrojená. Jurechovi bolo za ťaženie proti Poľsku udelené ministrom NO vyznamenanie „Za zásluhy“ a pamätná medaila „Za obranu Slovenska v marci 1939“ so štítkom „Javorina“. Krátko po skončení ťaženia mu bolo udelené aj nemecké vyznamenanie „Záslužný kríž Radu Nemeckého orla s mečmi“ II. tr
Po ďalšej reorganizácii slov. brannej moci, kedy došlo k zrušeniu 2. divízie v Banskej Bystrici a z jej veliteľstva a štábu vzniklo Veliteľstvo pozemného vojska, bol pplk. gšt. Štefan Jurech dňom 30. septembra 1940 ustanovený do funkcie náčelníka štábu Veliteľstva pozemného vojska, následne aj do funkcie generálneho inšpektora. V roku 1940, na základe absolvovania leteckého výcviku a predošlého priznania charakteru poľného letca pozorovateľa zbraní a štábu, mu bolo povolené nosiť novozavedený slov. odznak poľného pozorovateľa zbraní. Osobné konflikty medzi JurechOM a ministrom NO gen. I. tr. Ferdinandom ČATLOŠOM sa množili, týkali sa aj triviálnych vecí, vojenského výcviku a jeho metód a pod. Postupne začal mať Jurech problémy aj so svojim nadriadeným veliteľom VPV gen. II. tr. Alexandrom ČUNDERLÍKOM, ktorý mal vysokú mieru autority v armáde ako starší, vysoký dôstojník zbraní, no na druhej strane bol fakticky nepoužiteľný pre moderné riadenie armády, ktorá vyžadovala na takom poste nielen veliteľské schopnosti, ale aj mimoriadne široké odborné znalosti zo štábnej práce a vysokú mieru flexibility. Významne negatívne sa na ňom prejavoval jeho ťažký zlý a chronický zdravotný stav. Jeho veliteľské nedostatky sa prejavili už v ťažení proti Poľsku, keď velil jednej z divízií. Jurech bol známy ako veľký pedant a presný štábny dôstojník, ktorý ťažko určitú mieru neodborného prístupu svojho nadriadeného.
Konflikty medzi ČATLOŠOM a JurechOM sa množili, čomu napomáhalo donášanie rôznych „zaručených správ“ ČATLOŠOVI o vyjadreniach Jurecha na adresu ministra NO, viacerými dôstojníkmi. Pre osobné, priam nezmieriteľné nezhody s ministrom NO gen. I. tr. Ferdinandom ČATLOŠOM a pre nedodržanie služobnej subordinácie, za korešpondenciu s nemeckou vojenskou misiou bez súhlasu nadriadeného. Negatívne vzťahy kulminovali po vypracovaní memoranda pre prezidenta SR Dr. Jozefa TISA dôstojníkmi Štefanom JurechOM, Vojtechom DANIELOVIČOM a Jánom ŠMIGOVSKÝM, v ktorom napadli ministra NO gen. I. tr. Ferdinanda ČATLOŠA pre jeho prechmaty ekonomického charakteru v armáde, pre „kupovanie si nemeckých predstaviteľov“ nákladnými darmi na vrub Slovenska, pre jeho verejne prezentované názory v minulosti a pod. Nebolo nič platné, že v memorande bola absolútna väčšina tvrdení pravdivá, prezident nebol ochotný sa vzdať ministra NO gen. ČATLOŠA. Za uvedené správanie bol Štefan Jurech nakoniec ministrom NO za trest bol určený do vojenskej diplomacie, pričom v hre bolo aj jeho prepustenie zo služobného pomeru. Štefan Jurech sa stal vojenským pridelencom v Maďarsku.