Počas brannej pohotovosti štátu v dobe od 24. septembra do 26. októbra 1938 bol mjr. gšt. Štefan Jurech ustanovený za prednostu 3. (operačného) oddelenia štábu II. armády v Olomouci a zároveň od 6. októbra 1938 vykonával aj funkciu ubytovateľa II. armády. Štefan Jurech výkonom tejto veľmi vysokej a zodpovednej štábnej funkcie bol spoločne s div. gen. Rudolfom VIESTOM, pplk. gšt. Ferdinandom ČATLOŠOM a pplk. gšt. Augustínom MALÁROM výnimkou oproti iným čs. dôstojníkom slovenského pôvodu, ktorí zastávali oveľa funkcie nižšie štábne a veliteľské funkcie. Patrili k elite čs. armády. Štefan Jurech sa počas mobilizácie plne osvedčil ako schopný a nadaný dôstojník generálneho štábu. Vykonával mimoriadne dôležitú a na odbornosť mimoriadne náročnú funkciu prednostu operačného oddelenia veliteľstva armády.
Od novembra 1938 bol mjr. gšt. Štefan Jurech na základe rozhodnutia vlády ustanovený za člena čs. - poľskej delimitačnej komisie, ktorá mala určiť nové čs. – poľské hranice po tom, ako beckovské Poľsko nátlakom a zneužijúc zle medzinárodné postavenie ČSR si vynútilo odstúpenie hraničnej časti Oravy a Javoriny, Spiša, ako aj Těšínska. Išlo o mimoriadne náročnú funkciu, ktorá vyžadovala nielen topografické schopnosti, ale aj diplomatický takt, silné charakterové vlastnosti, veliteľská rozhodnosť, ktoré boli potrebné k odolaniu nátlaku z poľskej strany. Počas výkonu funkcie sa striedavo zdržiaval na československej a poľskej strane.
Po tom, ako došlo k zásadnej zmene štátoprávneho usporiadania Československa v októbri 1938, bol na návrh Štefana HAŠŠÍKA začiatkom roku 1939 mjr. gšt. Štefan Jurech ako vyšší štábny dôstojník slovenského pôvodu ustanovený prednostom vojenskej kancelárie vládneho delegáta Slovenskej krajiny pri MNO v Prahe. Jeho úlohou bolo robiť akúsi „spojku“ medzi slovenskou krajinskou vládou a pražským MNO vo vojenských záležitostiach. Išlo o vojensko – diplomatickú funkciu, keď musel podávať dobrozdania slovenskému vládnemu delegátovi vo vojenských veciach, riadil vojenskú korešpondenciu vládneho delegáta pri MNO Štefana HAŠŚÍKA, ale sa zaoberal aj organizáciou čs. armády, ktorá sa mala prispôsobiť novým štátoprávnym pomerom v Československu. Z titulu výkonu funkcie často prichádzal do služobného styku aj s MNO a jeho Hlavným vojenským veliteľstvom. Štefan Jurech sa neuspokojil iba s funkciou akéhosi pobočníka vládneho delegáta, ale snažil sa o aktívny prístup, okrem iného aj snahou, aby sa zrovnoprávnilo a zvýšil počet slovenských dôstojníkov (ale aj rotmajstrov) z povolania v čs. armáde, ktorých bolo iba niekoľko stoviek oproti vyše desiatim tisícom českých dôstojníkov. Dokonca vypracoval návrh na vytvorenie druhej Vojenskej akadémie, ktorá by bola dislokovaná na Slovensku a primárne by bola zameraná na výchovu budúcich slovenských dôstojníkov. Jeho návrhy však boli pražským MNO odmietnuté.
Pri hodnotení služby Štefana Jurecha v čs. armáde nie je možné obísť jednu dodnes plne nevysvetlenú okolnosť, ktorou je jeho tvrdenie z roku 1940, že ešte počas existencie ČSR (v r. 1924 alebo v r. 1925) sa mal stať tajným členom Rodobrany. Táto skutočnosť doposiaľ nebola hodnoverne vyjasnená. Aktívni dôstojníci čs. armády mali v medzivojnovej čs. armáde zakázané vstupovať do akýchkoľvek organizácií, ktoré mali politické pozadie alebo vykonávali politickú činnosť. Prihlásenie Štefana Jurecha do Rodobrany, ak vôbec k nejakému prihláseniu došlo, bolo zrejme samotným JurechOM neodsúhlasené, ním nevykonané. Ak k nemu vôbec došlo, muselo byť jedine iniciatívnym počinom jeho spolubojovníka z 1. svetovej vojny a osobného priateľa, inak radikálne ladeného člena HSĽS kpt. pech. v zál. Štefana HAŠŠÍKA. Je ale možné s určitosťou konštatovať, že sám Štefan Jurech žiadnu činnosť v prospech Rodobrany nevykonával, vôbec v nej nebol a nemohol byť aktívny, nakoľko bol služobne viazaný v českých zemiach ako dôstojník u peších útvarov. Informácia z roku 1940, ktorá sa o členstve Štefana Jurecha v Rodobrane objavila, je zrejme dôsledkom snahy získať politické body, najpravdepodobnejšie na radu Štefana HAŠŠÍKA, v čom sa neodlišoval od iných slovenských dôstojníkov postupujúcich obdobným spôsobom a medzi nimi aj ministra NO gen. I. tr. Ferdinanda ČATLOŠA.